Um olhar sobre o mapa da malha ferroviária revela que os trens, responsáveis por transportar 300 mil passageiros por dia em cinco ramais e três extensões, passam às margens de 179 comunidades controladas pelo Comando Vermelho (CV), pelo Terceiro Comando Puro (TCP), pela Amigos dos Amigos (ADA) e por milícias. A passagem de composições por áreas conflagradas se reflete na quantidade de vezes que, devido à violência, os usuários ficaram a pé em 2025. Só nos dez primeiros meses do ano, problemas de segurança pública, como trocas de tiros, roubos e furtos de cabos e vandalismo, provocaram 682 cancelamentos ou interrupções de viagens. Significa dizer que, em média, houve duas ocorrências deste tipo por dia.