Mas a carreira do ex-lateral esquerdo, ídolo do clube também como jogador, foi vitoriosa no comando do time profissional do Flamengo, cargo que assumiu em setembro de 2024: foram 101 jogos como treinador. Foram 63 vitórias, 23 empates e 15 derrotas, um aproveitamento próximo dos 70%. Com Filipe Luís, o time marcou 183 gols e sofreu 68. O treinador faturou cinco títulos: Libertadores, Brasileirão, Copa do Brasil, Supercopa do Brasil e Campeonato Carioca.