Apesar de eliminações no Mundial de Clubes e na Copa do Brasil, o ano ganhou contornos épicos na reta final. Em novembro, Filipe comandou o Flamengo rumo à quarta Copa Libertadores de sua história, com vitória por 1 a 0 sobre o Palmeiras, no Monumental de Lima. Em dezembro, fechou a temporada com o título do Campeonato Brasileiro, consolidando 2025 como um dos anos mais vitoriosos do clube.