Além das condenações criminais, Babu também respondeu a ações por improbidade administrativa. Em 2010, o Ministério Público do Estado do Rio de Janeiro ajuizou ação na qual apontou que, enquanto vereador, ele teria se apropriado indevidamente de R$ 4.960,63 devidos pela Câmara Municipal a um ex-assessor. Segundo a denúncia, o funcionário comissionado seria obrigado a repassar parte do salário ao parlamentar e teria sido exonerado após questionar a prática. O MP apontou ainda falsificação de assinaturas e desvio de recursos para a conta de uma empresa privada. Na ação, o órgão pediu a devolução integral do dinheiro, a perda da função pública e a suspensão dos direitos políticos por até dez anos.